AIPRAL representa un espacio de comunión, encuentro, solidaridad y reflexión conjunta de la familia presbiteriana y reformada de América Latina. Como Alianza de Iglesias, busca ser reflejo de la diversidad de tradiciones y contextos de las comunidades de fe que la constituyen, así como del espíritu ecuménico y misional que las reúne. Con esta vocación, la Alianza fue desarrollando diferentes líneas de trabajo a lo largo del tiempo, respondiendo a las necesidades de las diferentes épocas.

Desde su origen, en el Congreso Continental Presbiteriano de Campinas, Brasil, de 1955, su principal tarea es propiciar el encuentro entre las diferentes iglesias que comparten doctrinas y formas de gobierno vinculadas en su origen a la Reforma protestante de 1517. El trabajo de AIPRAL se diversificó a lo largo de su historia: el estudio de la realidad estructural de las iglesias latinoamericanas, el rol pastoral, la importancia de la educación cristiana, la identidad reformada y el papel de la familia denominacional en la realidad social y política de la región, el rol de las mujeres en la Iglesia y la sociedad, la promoción del liderazgo juvenil, el cuidado de la creación y la justicia climática, la proclamación e incidencia pública para la construcción de una cultura de paz con justicia social en el mundo.

En el Congreso de 1955 se constituyó como Comisión de Cooperación Presbiteriana de América Latina (CCPAL). Su primer presidente fue el Rev. José Borges dos Santos, de la Iglesia Presbiteriana de Brasil. En 1966, la Comisión se convirtió en la Asociación de Iglesias Presbiterianas y Reformadas en América Latina. Su primer presidente fue el Rev. Wilfrido Artús, de la Iglesia Evangélica Valdense del Río de la Plata. Es a partir de agosto de 1997 – durante la 23ª Asamblea General de la Alianza Reformada Mundial (ARM) celebrada en Debrecen, Hungría – que AIPRAL pasa a constituirse en un concilio de área, conformando la región latinoamericana de la ARM (Actual Comunión Mundial de Iglesias Reformadas). A partir de entonces pasa a denominarse Alianza de Iglesias Presbiterianas y Reformadas de América Latina.