Conforme estabelecido em seus estatutos gerais, a Aliança de Igrejas Presbiterianas e Reformadas da América Latina é governada por uma Assembléia Geral, composta por representantes de suas 20 igrejas membros. Reúne-se a cada 5 anos e elege seu presidente, vice-presidente, tesoureiro, secretário executivo e quatro diretores de Departamentos. Constituem o Comitê Executivo, o órgão responsável pela execução das linhas de trabalho propostas pela Assembléia.

A XIII Sessão da Assembleia Geral ia ser presencial na Cuba, mas devido à pandemia decidiu-se realizá-la por meio de teleconferências, de 21 a 23 de abril de 2022. Os estatutos gerais promovem a participação de jovens e mulheres como delegadas de suas igrejas, que realizam reuniões prévias à Assembleia Geral: Pré-Assembléia de Jovens e Pré-Assembléia das Mulheres. Esta última nomeia a Diretora Continental de Mulheres que faz parte do Comitê Executivo, enquanto ao primeira propõe candidatos para a Direção Continental de Jovens. As demais direções programáticas são propostas e eleitas pela Assembleia, pela Direção Continental de Teologia e Missão e pela Direção Continental de Justiça e Comunhão.

A Presidência é responsável por coordenar as sessões do Comitê Executivo, juntamente com a Vice-Presidência, que atua como secretaria das atas. O responsável pela presidência participa de diversos eventos e instâncias ecumênicas como representante da AIPRAL e suas Igrejas Membros.

A Secretaria Executiva é composta pela atual Secretária Executiva, que administra e executa o Plano Estratégico em colaboração com o Comitê e representa a Aliança na Comunhão Mundial das Igrejas Reformadas, bem como perante as Igrejas Membros, outras Igrejas e organizações ecumênicas, civis, e governo. É acompanhada por um Assistente de Comunicação, colaborando na promoção e divulgação das atividades e tarefas da AIPRAL.